（一）办公室。负责机关日常运转工作，承担信息、安全、 保密、信访、政务公开、信息化、新闻宣传等工作。 
    （二）政工科。承担机关直属单位的干部人事、机构编制、教育培训、劳动工资等工作，指导水利行业人才队伍建设。负责局机关离退休人员管理服务工作，指导所属单位离退休人员管理服务工作。实施全市水利科学技术发展规划，拟定水利行业地方技术标准、规程规范并监督实施，组织重大水利科学研究、技术引进和科技推广。 
    （三）计划财务科。拟订水利战略规划，组织编制重大水利综合规划、专业规划和专项规划。审核重点水利建设项目建议书、可行性研究报告。组织指导有关防洪论证工作。指导水利工程建设项目合规性审查工作。组织实施市级水利建设投资计划，统筹协调项目实施的监督管理。负责编制部门预算并组织实施，承担财务管理工作和资产管理、内部审计工作。参与组织提出市级水利财政资金安排建议，并统筹协调项目实施的绩效评价。提出有关水利价格、税费、基金、信贷的建议。负责局行政事业性收费统一管理工作。承担水利统计和水利体制改革的有关工作。 
    （四）水资源科（加挂市市节约用水办公室牌子）。承担实施最严格水资源管理制度相关工作，组织实施水资源取水许可、水资源论证等制度，指导开展水资源有偿使用工作。指导水量分配工作并监督实施，指导江河、水库生态流量水量管理。组织编制水资源保护规划，指导农村饮用水水源保护有关工作。按规定组织开展水资源承载能力监测预警有关工作，组织编制并发布市级水资源公报。拟订节约用水政策，组织编制并协调实施节约用水规划，组织指导计划用水、节约用水工作。组织实施用水总量控制、用水效率控制、计划用水和定额管理制度。指导地下水开发利用。指导和推动节水型社会建设工作。指导城市污水处理回用等非常规水源开发利用工作。 
    （五）水利工程建设与监管科。指导水利工程建设与管理，制定有关制度并组织实施。指导水库、水闸、堤防等水利基础设施建设，指导重要病险水库（水闸）、重要堤防的除险加固。组织指导水利工程蓄水安全鉴定和验收。组织实施水利工程质量监督。指导水利建设市场的监督管理和水利建设市场信用体系建设。指导水利设施的管理、保护和综合利用，组织编制水库运行调度规程，指导水库、水电站大坝、堤防、水闸等水利工程的运行管理与划界。督促检查水利重大政策、决策部署和重点工作的贯彻落实情况。 
    （六）水库移民科。负责中大型水库移民管理工作，审核大中型水利工程移民安置规划和后期扶持规划并组织实施，承担大中型水库的移民搬迁安置和后期扶持工作，组织实施大中型水库移民安置验收和监督评估等制度。负责管理大中型水库移民资金。协调推动市内水库移民对口支援工作。 
    （七）水土保持科。承担水土流失综合防治工作，组织编制水土保持规划并监督实施，组织水土流失监测、预报并公告，审核权限内开发建设项目水土保持方案并监督实施。负责水土保持补偿费征收使用制度的实施。 
    （八）水旱灾害防御科。组织编制洪水干旱防治规划和防护标准并组织实施。会同有关部门组织编制重要江河湖泊和重要水工程的防御洪水抗御旱灾调以及应急水量调方案按程序报批并组织实施。会同有关部门承担防御洪水应急抢险的技术支撑工作。承担台风防御期间重要水工程调度工作。组织协调指导蓄滞洪区安全建设、管理和运用补偿工作，承担洪泛区、蓄滞洪区和防洪保护区的洪水影响评价工作。承担跨区域水资源供需形势分析，指导水资源调度工作并监督实施。组织指导调水工程前期工作。指导监督跨区域流域调水工程的调度管理等工作。 
    （九）政策法规与安全监督科。起草有关地方性法规、规章草案，研究拟订水利工作的政策并监督实施。承办局行政应诉、行政复议和行政赔偿工作。组织指导水政监察和水行政执法，协调跨县（市、区）水事纠纷，组织查处重大涉水违法事件。组织实施水利工程安全监督。指导水利行业安全生产工作，指导水库、水电站大坝等水利工程的安全监管。 
    （十）农村水利水电科。组织开展大中型灌排工程建设与改造，指导农村饮水安全工程建设管理工作。指导节水灌溉有关工作。承担水能资源的监督管理工作。组织拟订农村水能资源开发规划，指导水电农村电气化、农村水电增效扩容改造以及小水电代燃料等农村水能资源开发工作。指导农村水利改革创新和社会化服务体系建设。 
    （十一）河湖管理科。指导水域及其岸线的管理和保护，指导重要江河、水库、河口的开发、治理和保护，指导江河、水库水生态保护与修复以及河湖水系连通工作。监督管理河道采砂工作，指导河道采砂规划和计划的编制，组织实施河道管理范围内工程建设方案审查制度。 
    （十二）河长制工作科。承担市河长制工作委员会办公室的日常工作。拟定市河长制工作规章制度、工作计划、考核方案等并组织实施。督办落实市级河长部署的工作任务，统筹协调市河长制工作委员会成员单位江河保护工作，指导地方河长制工作。 
    机关党委。负责局机关和直属单位的党群工作。